El Programa de Doctorado en Economía (PDE) tiene una duración de 3 años (6 Semestres). El primer año es un año de escolaridad (obligatoria) donde los alumnos llevan cursos obligatorios y electivos. En este primer año se prepara la propuesta de investigación de dos documentos (papers) publicables en revistas internacionales indizadas. Al final del primer año, los alumnos harán una defensa de la propuesta ante un Jurado. La aprobación de dicha defensa determina la continuación del alumno en el PDE en sus dos años finales. El segundo y tercer año son periodos de investigación donde se desarrollan dos documentos (papers) que deben ser publicados en revistas internacionales indizadas. La nueva propuesta del Plan de Estudios del PDE conserva el carácter académico con el cual se inició el Programa. El PDE es un programa de investigación académica. Este programa se centra en la investigación económica sobre aspectos tanto teóricos como empíricos en las diferentes áreas de la economía.

Los alumnos que ingresaron durante el 2014-2015 seguirán rigiéndose por la estructura curricular bajo la cual fueron admitidos. Asimismo es importante recalcar que aquellos que ingresaron el 2017 tienen un plazo máximo de 8 años para finalizar sus estudios, es decir, 3 años de lo que dura normalmente más 5 años. Mientras los que ingresaron antes de dicho año, tienen plazo hasta el 2025.